Фамилия Шафатов образована от личного имени или прозвища Шафат. Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках, например в татарском, башкирском, казахском, слово «шафат» имеет значение «заступничество», «ходатайство», «милость», а в религиозном контексте — «заступничество пророка перед Аллахом». Мужское имя Шафат (иногда в форме Шафатат) встречается у мусульманских народов, и от него по русской модели образовали фамилию с патронимическим суффиксом -ов: Шафатов — буквально «сын Шафата».

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с арабским словом «шафа» — «исцеление», «выздоровление». В этом случае прозвище Шафат могли дать знахарю или целителю. Однако суффикс -ат в арабских заимствованиях чаще указывает на отглагольное существительное, и значение «заступничество» выглядит более устойчивым для антропонима.

Фамилия Шафатов — редкая, её носители концентрируются в регионах с татарским населением: в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. В дореволюционных метрических книгах она почти не встречается, что говорит о позднем оформлении — скорее всего, во второй половине XIX века, когда у крещёных татар и башкир начали массово закрепляться фамилии.

Интересная деталь: в русском языке фамилия могла писаться и через «а» — Шафатов, и через «о» — Шофатов, если в диалекте гласная редуцировалась. Но вариант Шафатов закрепился как основной. С точки зрения словообразования фамилия типична для восточной окраины России: тюркская основа плюс русский суффикс, указывающий на принадлежность к роду.