Фамилия Шафатова — женская форма фамилии Шафатов, и её разбор сразу упирается в редкую и неочевидную основу. В русских фамилиях суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть предка звали Шафат. Откуда взялось такое прозвище или имя — главный вопрос.

Самая вероятная версия связывает Шафата с тюркскими языками. В них слово «шафат» или близкие формы (например, «шафаат» — заступничество, ходатайство) могли дать прозвище человеку, который выступал посредником, защитником или просителем. В исламской традиции «шафаат» — это заступничество пророка, но в бытовом прозвище скорее отражалась роль миротворца или ходатая в общине. Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир или других тюркоязычных народов, а затем перейти в русскую культуру через смешанные браки или крещение.

Менее убедительна версия о происхождении от арабского имени Шафат (встречается у народов, исповедующих ислам). Если это так, то фамилия просто фиксирует отчество от личного имени, которое со временем вышло из употребления. Но в русском контексте имя Шафат — редкость, поэтому прозвищная версия выглядит естественнее.

Фамилия Шафатова — нетипичная для центральной России. Её географическое ядро, по доступным данным, сосредоточено в Поволжье и на Урале, особенно в Татарстане, Башкортостане и соседних областях. Это подтверждает тюркский след. Встречается она и у казахов, но там скорее как фамилия Шафатов в мужском роде.

С точки зрения словообразования, фамилия простая: корень Шафат- плюс патронимический суффикс -ов. Никаких редких суффиксов вроде -их или -ский здесь нет, что говорит о позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда фамилии массово закреплялись за крестьянами и мещанами. Сословно носители, вероятно, были из крестьян или мещан, но точных данных нет.

В итоге: фамилия Шафатова — не славянская по корню, а тюркская, с прозвищной основой, указывающей на роль заступника или посредника. Регион бытования — Поволжье и Приуралье.