Фамилия Шакатова — женская форма, а её основа скрывается в мужском варианте Шакатов. В русской традиции такие фамилии чаще всего образовывались с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шакатов, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Шакат.

Корень здесь — «шакат», и это слово в русском языке не встречается ни как имя, ни как нарицательное. Поэтому сразу отметаем бытовое прозвище от русского корня. Скорее всего, основа тюркская. В тюркских языках, особенно в казахском, башкирском, татарском, слово «шакат» (или близкое «шакатлык») означает «шалость», «озорство», «проказа». Человека могли прозвать Шакат за живой, непоседливый нрав, за склонность к шуткам и выходкам. Такие прозвища в кочевой среде давались метко и часто закреплялись в роду.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование. В некоторых тюркских диалектах «шакат» — это искажённое «шагат» или «шагатай», восходящее к имени Чагатай (второй сын Чингисхана). В таком случае фамилия могла быть связана с родоплеменным именем или с прозвищем человека, которого в шутку или всерьёз сравнивали с потомками Чагатая. Но эта гипотеза слабее: прямое звуковое совпадение с «шакат» встречается редко.

Географически фамилия Шакатов (и Шакатова) чаще всего встречается в Поволжье, на Южном Урале и в Западной Сибири — в регионах с сильным татарским и башкирским населением. Это косвенно подтверждает тюркское происхождение. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — у татар и башкир фамилии на -ов нередко получали даже рядовые общинники при переходе к оседлости и учёте в ревизских сказках.

Суффикс -ов здесь стандартный, а не редкий, но сама основа делает фамилию заметной: в русском ономастиконе она встречается нечасто, и её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных семей, а не из разных регионов независимо.