Фамилия Шакаев образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на ц. В данном случае основа — Шакай. Это значит, что фамилия происходит от личного имени или прозвища Шакай, которое носил родоначальник.

Что такое Шакай? Здесь возможны два основных варианта, и оба связаны с тюркскими языками, что неудивительно для фамилии, распространённой в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири. Первый и самый прямой — прозвище от тюркского слова «шакал» (в некоторых диалектах — «шака»). Шакал в степной культуре — зверь неоднозначный: с одной стороны, трусливый и подлый, с другой — хитрый и выносливый. Прозвище Шакай могли дать человеку с соответствующими чертами характера или внешности. Второй вариант — от тюркского имени Шакай, которое могло быть уменьшительной формой от более длинных имён с компонентом «шах» (царь, владыка) или «шак» (щедрый, благородный). В таком случае фамилия несёт в себе пожелание знатности или щедрости.

По географии фамилия Шакаев наиболее характерна для татар, башкир и казахов. В русских документах она фиксируется с XVII века, когда служилые татары и башкиры получали земли и записывались в переписи. Например, в ревизских сказках Оренбургской губернии середины XVIII века встречаются Шакаевы среди тептярей и башкир-вотчинников. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были не крепостными, а либо государственными крестьянами, либо военно-служилым сословием (казаки, старшины).

Интересная деталь: в некоторых говорах фамилия писалась как Шакаевъ с твёрдым знаком на конце, что до реформы 1918 года было нормой. Но встречается и вариант Шакайев — с удвоенным й, что отражает попытку сохранить произношение основы. Современное написание закрепилось как Шакаев, и оно же самое распространённое. Сравните с однокоренными фамилиями: Шакалов (от шакал), Шакин (от Шака — краткая форма), Шакалеев. Все они — из одного тюркского гнезда, но суффиксы показывают разные способы образования: -ев, -ин, -ов.

Коротко: Шакаев — фамилия тюркского происхождения, означающая «потомок Шакая». Сам Шакай — либо прозвище от шакала (хитрый, изворотливый), либо имя со значением «царственный» или «щедрый». Предки — скорее всего, татары или башкиры, не крепостные, а свободные общинники или служилые люди.