Фамилия Шакалеев образована по типичной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяют к основам, оканчивающимся на согласный или «й». В данном случае основа — Шакалей. Это имя или прозвище, которое в русском языке могло появиться из двух источников.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках слово «шакал» (çakal, şaqal) означает хищное животное, известное своей хитростью и наглостью. Прозвище Шакал или Шакалей давали человеку, которого сравнивали с этим зверем: изворотливого, пронырливого, а иногда и просто худощавого, с острыми чертами лица. Форма Шакалей — это русифицированный вариант с добавлением окончания -ей, которое часто встречается у прозвищ (например, Кобель → Кобелев, Воробей → Воробьёв). Таким образом, Шакалеев буквально означает «сын или потомок Шакалея».

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с мусульманским именем Шакал (Шакир, Шакура) или его диалектными формами, но здесь есть фонетическая натяжка: имя Шакил (араб. «благодарный») дало бы фамилию Шакилев, а не Шакалеев. Поэтому прозвище от названия животного выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары, башкиры и русские рядом. Шакалеевы часто встречаются среди татарских и башкирских родов, которые крестились в православие, но сохранили тюркские прозвища. В русской среде фамилия редкая, её носители — потомки тех, кто получил такое прозвище за характер или внешность.

Социальный состав носителей в XIX веке — в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «прозвищное», а не служилое происхождение. Ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Шакале́ев, хотя в говорах может смещаться на второй.