Фамилия Шаканов образована по самой частотной русской модели — от основы с суффиксом -ан- и патронимическим окончанием -ов. Это значит, что в основе лежало прозвище или имя Шакан, а фамилия буквально отвечала на вопрос «чей?»: сын Шакана. Суффикс -ан- в русских прозвищах часто придавал слову оттенок просторечия или увеличительности (ср. ушан, лобан, горлан), но в тюркских языках, которые сильно повлияли на южные и восточные регионы России, -ан может быть и частью корня.

Самая прямая и правдоподобная версия — тюркское происхождение основы. В тюркских языках слово «шакал» (çakal, şaqal) обозначает хищного зверя, известного хитростью и наглостью. Прозвище Шакан мог получить человек с соответствующими чертами характера — изворотливый, пронырливый или, наоборот, осторожный, как шакал. В кочевой среде подобные звериные прозвища были обычным делом, они не несли резко отрицательной окраски, а скорее описывали натуру. Встречается и более редкая версия — от имени Шакир (араб. «благодарный») через диалектное стяжение, но она менее убедительна, так как промежуточная форма не фиксируется в источниках.

Географически фамилия Шаканов чаще всего встречается среди народов Северного Кавказа и Поволжья — у татар, башкир, кумыков, ногайцев, а также у казахов. В русских документах она могла появиться при переходе тюркского прозвища в фамилию в XVI–XIX веках, когда крестьяне и казаки получали фамилии по отцу. Важно, что ударение в фамилии падает на второй слог — ШакАнов, что подтверждает тюркскую основу: в русских фамилиях от зоонимов (Волков, Зайцев) ударение обычно на корне, а здесь оно смещено на суффикс, как в фамилиях типа Ахметов, Базанов.

Редкая, но интересная деталь: в некоторых башкирских и татарских родословных встречается личное имя Шакан как уменьшительная форма от Шагидулла или Шайхутдин. В этом случае фамилия не связана с животным, а восходит к арабскому корню с религиозным значением. Однако для массового бытования фамилии эта версия вторична — большинство Шакановых, судя по архивным данным XIX века, жили в степных районах, где прозвищная система была сильнее, чем книжные арабские имена.