Фамилия Шаканукова — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа, но зато хорошо видна география и модель образования. Это женская форма фамилии Шакануков, а мужской вариант образован по самой частотной русской модели: к основе добавили суффикс -ов (фонетически — -ов, так как основа оканчивается на твёрдый согласный). Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Шаканука.

Сложнее с корнем. Основа «Шакан-» или «Шаканук» не встречается в распространённых славянских именах и прозвищах. Скорее всего, фамилия тюркского или кавказского происхождения. В тюркских языках есть слово «шакан» (или «чакан») — так называли вид топора, секиру, иногда — ручное орудие для рубки. Если прозвище Шакан дали человеку, который работал с таким инструментом (лесоруб, плотник, воин с секирой), то фамилия превратилась бы в Шаканов. Но тут стоит суффикс -ук, который в тюркских и кавказских языках часто даёт уменьшительное или ласкательное значение: «маленький Шакан», «сын Шакана». То есть Шаканук — это «Шакан-младший» или «потомок Шакана».

Вероятнее всего, фамилия бытует среди народов Северного Кавказа (кабардинцы, черкесы, балкарцы) или у тюркских групп (кумыки, ногайцы). В этих языках суффикс -ук (-ыкъ) — типичный патронимический показатель, и фамилии на -уковы там встречаются часто. Если так, то первый носитель получил прозвище Шакан (по орудию труда или по внешности), а его сына уже звали Шакануком, и это имя закрепилось как родовое.

Вторая версия, менее вероятная, — связь с арабским именем Шакан (от «шака» — «сомнение» или «благодарность»), но в таком случае фамилия была бы Шаканов, без суффикса -ук. Поскольку суффикс есть, именно кавказско-тюркский путь выглядит убедительнее.

Фамилия не имеет отношения к русским дворянским родам и, скорее всего, принадлежала простым сельским жителям — ремесленникам или воинам, которые носили прозвище по инструменту. Встречается она крайне редко, что подтверждает её локальный, горский характер. В написании возможны варианты: Шокануков (через «о» в первом слоге), если в местном говоре «а» произносилось как «о» (аканье наоборот). Но для точной этимологии не хватает полевых записей: нужно знать, из какого именно аула или села родом носители.