Фамилия Шагатова — женская форма фамилии Шагатов, и её происхождение напрямую связано с тюркскими корнями. Основа фамилии — личное имя или прозвище Шагат. В тюркских языках, например в казахском, башкирском или татарском, слово «шагат» (или «сагат») означает «час», «время», а также «часы» (как прибор). Однако прозвище Шагат могло иметь и переносный смысл: так могли назвать пунктуального, точного человека, который всё делает вовремя, либо, наоборот, того, кто работал часовщиком или торговал часами.

Модель образования фамилии типична для многих народов Поволжья, Урала и Сибири. Суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: Шагатов — буквально «сын Шагата». Такая патронимическая модель широко распространена у татар, башкир, казахов, а также у многих народов Кавказа. Интересно, что в русском языке фамилия Шагатов могла возникнуть как калька с тюркского: русские писцы, фиксируя прозвище, добавляли к нему привычный суффикс -ов.

Географически фамилия встречается в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в Казахстане. Встречается и вариант Шагатов, и Шагатова — в зависимости от пола носителя. В некоторых говорах ударение может падать на первый слог (Ша́гатов), что сближает фамилию с диалектным русским словом «шагать», но это скорее случайное совпадение, нежели основа для версии.

Если отталкиваться от прозвища, то предки носителей фамилии Шагатова, скорее всего, были людьми, известными своей точностью, или же часовых дел мастерами. Вторая версия — менее вероятная, но возможная: в некоторых тюркских диалектах «шагат» могло быть вариантом имени Шагит (от арабского «шахид» — свидетель), но это уже другая этимология. В любом случае, фамилия указывает на восточное происхождение и связь с миром времени и порядка.