Фамилия Шпягина — женская форма фамилии Шпягин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Шпяга. В основе лежит слово «шпяга», которое в русских говорах, особенно в южных и западных областях, означало «шпага», «сабля» или «колющее оружие». Это диалектное произношение с «я» вместо «а» после мягкого согласного — характерная черта, закрепившаяся в прозвище.

Прозвище Шпяга могли дать человеку по разным причинам: за острый язык, за худощавое и «колючее» телосложение, либо за то, что он носил или умел обращаться с холодным оружием. В XVI–XVII веках такие прозвища нередко переходили в фамилии, когда крестьяне или посадские люди получали «уличные» имена, позже закреплявшиеся за их потомками.

Суффикс -ин в фамилии Шпягин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Шпяги, то есть потомок человека с таким прозвищем. Эта модель образования — одна из самых распространённых на севере и в центральной России, где на вопрос «чей ты?» отвечали: «Шпягин».

Фамилия достаточно редкая. Она встречается в документах по Тверской и Смоленской губерниям, что косвенно подтверждает её западнорусские корни. Стоит отметить, что в старых переписях и метрических книгах можно найти написание «Шпягинъ» с твёрдым знаком на конце — это не ошибка, а дореформенная орфография.

Если сравнивать с однокоренными, то к той же основе восходят фамилии Шпагин, Шпагинский, Шпаков. Но Шпягин стоит особняком: диалектная форма «шпяга» сохранила более древнее звучание, которое в литературном языке вытеснилось вариантом «шпага». Таким образом, носители фамилии Шпягина — потомки людей, говоривших на старом местном говоре, где слово «шпяга» было в ходу.