Фамилия Шрубченко — один из характерных примеров украинской фамильной модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках закрепился в Поднепровье и на Левобережной Украине как обозначение потомка («сын такого-то»). В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где основа обычно указывает на отца напрямую (Петров — сын Петра), украинская модель могла цепляться не только к крестильному имени, но и к прозвищу, ремеслу или внешней черте. В случае Шрубченко основа — «Шруб» или «Шруба» — явно нецерковная и требует отдельного разбора.

Самая вероятная версия связывает фамилию с украинским или польским словом «шруба» (śruba) — винт, болт, резьбовое соединение. В ремесленной среде это слово закрепилось за плотником, столяром или слесарем, который работал с металлическими крепежами. Прозвище Шруба могли дать человеку, который изготавливал или вкручивал шурупы, либо — в переносном смысле — «вертлявому», «вкручивающемуся» в дела, настырному. Суффикс -енко добавляет значение «потомок Шрубы», то есть первый носитель фамилии — сын мастера по прозвищу Шруба.

Менее убедительная гипотеза выводит основу из диалектного «шруб» — обрубок, коротышка (от немецкого Schrubb — кусок, отрезок). В этом случае прозвище могло указывать на невысокий рост или плотное телосложение. Но для украинской среды начала Нового времени, где ремесленная терминология активно проникала в быт через цеховые традиции, версия с «винтом» выглядит логичнее. Польское влияние здесь тоже уместно: Правобережная Украина долго была частью Речи Посполитой, и śruba могла войти в местные говоры как профессиональный термин.

Географически фамилия Шрубченко сегодня встречается в основном на востоке Украины (Сумская, Харьковская области) и среди потомков переселенцев в России (Краснодарский край, Ростовская область). Встречается она нечасто, и это косвенно подтверждает её позднее оформление: фамилии на -енко от редких прозвищ обычно не давали массовых «гнёзд». В дореволюционных метрических книгах Шрубченко почти не фигурируют среди дворян или духовенства — вероятнее всего, это фамилия крестьян или мещан, вышедших из ремесленной среды.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шрубченко стоит в одном ряду с Шрубенко, Шрубовым и Шрубским. Но именно форма с -енко надёжнее всего указывает на украинское происхождение и на то, что фамилия сложилась не раньше середины XVII века. Слово «шруба» в украинских говорах постепенно вытеснялось русским «винт» или «болт», поэтому сейчас основа может казаться тёмной, но для пращура-ремесленника она была бы совершенно прозрачной.