Фамилия Шрубенко — характерный пример украинской фамилии, образованной с помощью распространённого суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс указывал на потомка по мужской линии: Шрубенко — буквально «сын Шруба» или «маленький Шруб». Такая модель стала массовой в Поднепровье (современные Черкасская, Полтавская, Киевская области) в XVI–XVII веках, а затем закрепилась как наследственная фамилия.

Основа Шруб- значительно сложнее для толкования. Самая прямая версия связывает её с украинским словом «шруб» — винт, болт. В этом случае прозвище Шруб мог получить мастеровой, работавший с металлом, или человек, которого за характер сравнивали с витым, упрямым предметом. Однако в украинских говорах слово «шруб» фиксируется редко и считается заимствованием из немецкого или польского (ср. польск. śruba). Поэтому версия с прозвищем от названия детали хоть и возможна, но небесспорна.

Более надёжным выглядит объяснение через антропонимическое гнездо. В польских и западноукраинских источниках встречается фамилия Шруб (Szrub) и её варианты — вероятно, от немецкого имени Scherub (Шеруб) или от прозвища, связанного с диалектным словом «шруба» (рубаха, лохмотья). В таком случае Шрубенко — украинизированная форма более старой польской или немецкой фамилии. На это указывает и редкий для украинского языка согласный «шр» в начале: исконно украинские слова с таким сочетанием единичны.

Географически фамилия Шрубенко сегодня встречается в основном на востоке Украины (Сумская, Харьковская области) и в смежных регионах России. Это типично для фамилий, которые в XIX веке мигрировали вместе с крестьянами из густонаселённых районов Левобережья на свободные земли Слобожанщины. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к казацкой старшине или вольным посполитым — крестьянам, не попавшим в крепостную зависимость.

Единого мнения о происхождении основы нет, и это делает фамилию Шрубенко хорошим примером того, как за простой словообразовательной моделью может скрываться несколько исторических слоёв: от немецкого ремесленного термина до польского прозвища.