Фамилия Шурубенко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель, означавшая «сын» или «потомок», была особенно распространена на Левобережной Украине и в Слобожанщине в XVII–XVIII веках. В основе фамилии лежит прозвище Шуруб, которое и дало имя родоначальнику.

Корень «шуруб» неоднозначен, и здесь стоит остановиться подробнее. Первая и самая вероятная версия связывает его с диалектным украинским словом «шуруб» — так в некоторых регионах называли винт, болт или шуруп. Прозвище Шуруб мог получить мастеровой человек, слесарь, либо тот, кто отличался въедливым, «винтовым» характером. Вторая версия — фонетическая: в южнорусских говорах «шуруб» могло быть искажением слова «шелеп» (плеть, хлыст) или «шурпа» (шероховатость). Однако более правдоподобным выглядит вариант с ремесленной основой, поскольку на Украине фамилии от названий инструментов и профессий давали часто и охотно.

Встречается и вариант написания Шурубенко без мягкого знака — это норма для украинской орфографии. Родственные фамилии — Шуруб, Шуруба, Шурубей — различаются суффиксами, но восходят к одному корню. Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской и Сумской областям, что подтверждается данными переписей XIX века: Шурубенко — фамилия не городская, а крестьянская и казацкая.

Сословно носители фамилии чаще всего относились к казакам или государственным крестьянам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — суффикс -енко в малороссийской среде не был знаком шляхетского происхождения, а указывал на простое, но свободное сословие. Таким образом, предки современного Шурубенко — скорее всего, ремесленники или казаки, жившие на землях современной северо-восточной Украины.