Фамилия Штаферун — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа явно не славянская, а скорее немецкая или еврейская, что сразу задаёт направление поиска. В русском языке фамилия закрепилась без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин, что указывает на относительно позднее появление — не раньше XVIII–XIX веков, когда в Россию массово приезжали иностранные специалисты и ремесленники.

Сам корень Штафер- восходит к немецкому слову «Stafer» или «Staferer». В южнонемецких диалектах так называли подмастерье или помощника мастера, того, кто «ставит» или «устанавливает» что-то (от глагола «stapfen» — ступать, шагать, а в переносном смысле — заниматься отделкой). Вторая часть -ун — это не суффикс принадлежности, а, скорее всего, русифицированное окончание, которое придало фамилии благозвучность для русского уха. Встречаются варианты написания Штаферун, Штаферунн, но исходная форма, вероятно, звучала как «Штафер» или «Штаффер».

По роду занятий предок-носитель фамилии мог быть квалифицированным ремесленником: столяром, плотником, отделочником или даже строителем лесов и подмостей (в немецком «Stafer» — это ещё и «леса» в строительстве). Не исключена и еврейская версия: среди ашкеназских евреев фамилии, оканчивающиеся на -ун, встречаются, а корень мог быть связан с идишским «штафер» — «посох», «опора», что давало прозвище крепкому, надёжному человеку. Однако немецкая профессиональная версия выглядит более прямой и убедительной.

Географически фамилия Штаферун в основном фиксируется на юге России и в Поволжье — в тех регионах, куда в XVIII–XIX веках приглашали немецких колонистов (например, в Саратовской, Самарской губерниях, а также в Одесской области). Это подтверждает версию о немецком происхождении. Русские крестьяне могли «переделать» фамилию на свой лад, добавив -ун, но в документах она часто оставалась в исходном виде.

Таким образом, носитель фамилии Штаферун — потомок, скорее всего, немецкого мастера-строителя или отделочника, который осел в России в эпоху колонизации южных земель. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её обладатели могут с высокой вероятностью проследить свои корни до конкретных немецких поселений или ремесленных династий.