Фамилия Штаубер — редкий для России пример немецкой фамилии, сохранившей исходное написание и звучание. В отличие от многих «остзейских» фамилий, которые русифицировались через суффиксы -ов или -ин, Штаубер осталась в форме, близкой к оригиналу. Основа — немецкое слово Stauber. У него два возможных значения, и оба ведут к конкретным занятиям предков.

Первая и самая вероятная версия: Штаубер — это профессиональное прозвище от Stauber, что в южнонемецких диалектах означало «тот, кто чистит дымоходы». Слово связано с Staub — «пыль, сажа». Трубочист в немецких землях был заметной фигурой, его работа была востребована, а прозвище легко переходило в фамилию. Вторая версия, менее распространённая, отсылает к глаголу stäuben — «пылить, опылять». В этом случае Штаубер мог быть мельником или работником, связанным с сыпучими материалами — мукой, зерном, песком.

Модель образования простая: основа Staub- плюс суффикс деятеля -er. Для немецких фамилий такой способ — один из главных, он сразу указывает на занятие человека. Фамилия Штаубер встречается в Германии, особенно в Баварии и Баден-Вюртемберге, а в Россию попала, скорее всего, с переселенцами-колонистами при Екатерине II или с мастерами, приглашёнными в города. В отличие от фамилий на -ман (Штаубман), форма Штаубер реже, но тоже фиксируется в Поволжье и на юге России.

Поскольку фамилия не была адаптирована через суффиксы, её носители в Российской империи, вероятно, долго сохраняли немецкий язык и лютеранское вероисповедание. В советское время фамилия могла остаться без изменений, так как её звучание не воспринималось как «чужое» и не бросалось в глаза. Сегодня Штаубер — редкая фамилия, и каждый её носитель — живое свидетельство о немецком ремесленнике, который чистил дымоходы или молол муку.