Фамилия Штонин — редкая, и её разбор сразу упирается в вопрос: откуда у русского человека фамилия с нехарактерным началом «шт»? С точки зрения словообразования всё прозрачно: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Штонин — «сын Штони». Основа Штон(я) — это прозвище или неканоническое имя.

Главная версия связывает фамилию с немецкими корнями. В немецком языке есть слово «Stein» (камень) или фамилия «Stein». В русской среде, особенно среди поволжских немцев или в среде переселенцев, «Stein» могло превратиться в «Штейн», а затем по аналогии с русскими уменьшительными формами — в «Штоня» (ср.: Штейн → Штоня). Отсюда и Штонин. В пользу этой версии говорит география: фамилия встречается в южных и восточных регионах России, куда в XVIII–XIX веках активно приглашали немецких колонистов.

Вторая, менее вероятная версия — от диалектного русского слова «штоня» в значении «ворчун», «недовольный человек». Такое прозвище могли дать за характер, но проблема в том, что слово это нигде не зафиксировано в словарях, а начальное «шт» для исконно русских прозвищ — редкость (обычно это «ш» без «т»).

Фамилия недвусмысленно крестьянская или мещанская: модель на -ин характерна для непривилегированных сословий. Дворянских родов Штониных нет. Встречается фамилия преимущественно в Курской, Воронежской областях и в Ставрополье — то есть в тех местах, где оседали немецкие колонисты, переходившие на русский язык и смешивавшиеся с местным населением.

Таким образом, Штонин — скорее всего, обрусевшая немецкая фамилия. Предок носителя мог быть выходцем из немецких поселений, которого в русской среде прозвали «Штоня» (от фамилии Штейн), а его дети уже стали Штониными.