Скорее всего, фамилия Штондина этимологически связана с немецкой фамилией Штонд. Существует ряд родственных фамилий: немецкая Штонд, украинские Штонда и Штонденко, белорусская Штындик, русская Штондин. Вероятно, все они происходят от прозвища Штонд, которое было образовано от старонемецкого слова stin (Stein) - «камень, гора». Возможно, так прозвали человека, жившего в местах, где добывалась железная руда. С другой стороны, подобное прозвище мог получить человек с несгибаемой волей, «железным» характером. Согласно другой версии, фамилия Штонд происходит от существительного «штунда» — «христианское движение протестантской направленности, получившее распространение в Российской империи в XIX веке в среде немецких колонистов, а также части населения южнорусских губерний». Само слово «штунда» происходит от немецкого Stunde — «час для чтения и толкования Библии». Возможно, основатель рода Штондиных был сторонником вероучения штундистов. Можно предположить, что предок Штондиных был немцем и носил фамилию Stond. Со временем, вероятно, он переехал на территорию Украины, а затем России, где и произошла трансформация фамилии путем добавления сначала украинского суффикса –а, затем русского фамильного окончания –ин (Штонд – Штонда – Штондин). Сведения о представителях фамилии Штондины содержатся в различных архивных документах. Так, в Книге памяти Астраханской области записан крестьянин Штондин Филипп Ефимович, который родился 1873 году и проживал в селе Пологое Займище Владимировского (ныне Ахтубинского) района.