Скорее всего, фамилия Штонденко этимологически связана с немецкой фамилией Штонд. Существует ряд родственных фамилий: немецкая Штонд, украинские Штонда и Штонденко, белорусская Штындик, русская Штондин. Вероятно, все они происходят от прозвища Штонд, которое было образовано от старонемецкого слова stin (Stein) - «камень, гора». Возможно, так прозвали человека, жившего в местах, где добывалась железная руда. С другой стороны, подобное прозвище мог получить человек с несгибаемой волей, «железным» характером. Согласно другой версии, фамилия Штонд происходит от существительного «штунда» — «христианское движение протестантской направленности, получившее распространение в Российской империи в XIX веке в среде немецких колонистов, а также части населения южнорусских губерний». Само слово «штунда» происходит от немецкого Stunde — «час для чтения и толкования Библии». Возможно, основатель рода Штонденко был сторонником вероучения штундистов. Можно предположить, что основатель рода Штонденко был немцем и носил фамилию Stond. Со временем, вероятно, он переехал на территорию Украины, где и произошла трансформация фамилии путем добавления сначала украинского суффикса –а, затем фамильного суффикса -енко (Штонд – Штонда – Штонденко).