Фамилия Штрушаин — редкая и неочевидная с точки зрения русского уха. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу подсказывает: её происхождение, скорее всего, не из центральной России, а из регионов с сильным влиянием тюркских, финно-угорских или балтийских языков. Наиболее вероятная версия связывает её с прозвищем или профессией.

Если разобрать фамилию по частям, в основе лежит корень «штруш-». Он может восходить к диалектному слову «штруш» или «струш» — в некоторых говорах Поволжья и Приуралья так называли человека с взъерошенными волосами, вихрами или же того, кто суетится, «ершится». Суффикс «-аин» — редкий и характерен для фамилий, образованных от географических названий или прозвищ по модели «кто? откуда?»: например, «Литвин» (литовец), «Мордвин» (мордвин). В случае со Штрушаиным суффикс мог означать «сын Штруша» или «человек из рода Штрушей», но с добавочным значением принадлежности к определённой местности.

Есть и вторая, менее распространённая гипотеза: фамилия могла возникнуть как русифицированная форма немецкой фамилии Strusch или Struss, которую переселенцы из Германии (например, из Поволжья) адаптировали к русскому произношению, добавив типичный для русских фамилий суффикс. Однако против этого говорит суффикс «-аин»: немецкие фамилии в России обычно получали окончание -ов или -ев (Штрусов, Штрушев). «Штрушаин» — случай более архаичный, возможно, связанный с прозвищем, которое закрепилось за целым родом.

С географической точки зрения, носители фамилии Штрушаин встречаются в основном на юге России и в Западной Сибири, что подтверждает версию о её диалектном или переселенческом происхождении. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилия не звучит как дворянская или купеческая. Прямых указаний на известных исторических носителей нет, что делает эту фамилию ярким примером «народной» ономастики, где за редким звучанием стоит конкретное бытовое прозвище, а не книжное заимствование.