Фамилия Штупун — один из тех редких случаев, когда корень слова почти не менялся при переходе в фамилию, и его значение можно установить достаточно уверенно. В основе лежит украинское или южнорусское слово «штупун» — так в диалектах называли деревянную пробку, затычку для бочки, а также, в переносном смысле, невысокого плотного человека или упрямца. Фамилия образована без типичного русского суффикса (-ов, -ин), что характерно для прозвищ, которые просто закрепились в документах в исходной форме: человека прозвали Штупун, и это прозвище стало наследственным.

Слово «штупун» имеет явные германские корни — от немецкого Stopfen (затыкать, набивать) или Stopfen (пробка). В украинские и южнорусские говоры оно попало, скорее всего, через ремесленников-бондарей, которые работали с бочками и знали терминологию. Фамилия Штупун встречается прежде всего на территории современной Украины (особенно в западных и центральных областях) и в прилегающих районах России, где были сильны немецкие колонии или ремесленные традиции.

Важно не путать эту фамилию с похожими по звучанию, но разными по смыслу: Штумпф (нем. stumpf — тупой) или Штубен (нем. Stube — комната). Штупун — не немецкая фамилия, а славянское прозвище, заимствовавшее немецкое слово. Морфологически фамилия нестандартна: она не склоняется по падежам как типичная русская, а остается неизменной (как Штупун, Штупуном, о Штупуне), что указывает на её позднее оформление в качестве фамилии — уже в XIX веке, когда прозвища перестали русифицировать суффиксами.

По роду занятий предки носителя фамилии могли быть бондарями, виноделами или торговцами, связанными с бочковой тарой. В переносном смысле прозвище могло закрепиться за человеком коренастым, приземистым — «как пробка». Достоверных сведений о дворянском или крестьянском происхождении фамилии нет, но судя по диалектному характеру слова, она возникла в среде ремесленников или крестьян, а не в высших сословиях.