Фамилия Штуйников — редкий случай, когда основа угадывается не сразу, а словообразовательная модель подсказывает путь. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Штуйников». Значит, в основе лежало прозвище или имя Штуйник. А вот с ним и начинаются сложности.

Скорее всего, Штуйник — это вариант прозвища Штукатур или Штука. В русских говорах слово «штуй» или «штук» могло означать мастера по штукатурке, отделочника. Учитывая, что фамилии, образованные от названий ремесленников, очень распространены (Кузнецов, Плотников, Столяров), версия с «штукатуром» — самая прямая и правдоподобная. Предок мог быть человеком, который «штукатурил», то есть обмазывал стены глиной или известкой, и в быту его прозвали Штуйник или Штука.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «штукать» (бить, стучать). Тогда Штуйник — прозвище драчуна или, наоборот, плотника, работа которого была слышна по стуку. Однако в этом случае логичнее ожидать фамилию Штуков или Штукин. Форма на -ник чаще указывает на деятеля, человека, занятого определённым делом, что и подкрепляет версию о ремесле.

В дореволюционных переписях фамилия встречается крайне редко, в основном в центральных губерниях России, где было развито каменное и глиняное строительство. Это не дворянская, а крестьянская или мещанская фамилия, образованная по обычной народной модели. Её редкость — не повод для мистики, а просто свидетельство того, что прозвище Штуйник не стало массовым, закрепившись лишь в одном роду.