Фамилия Штынкина — женская форма фамилии Штынкин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Штынка. Слово «штынка» в русских говорах, особенно на юге и западе России, имело два основных значения: либо «кусок, ломоть» (часто хлеба), либо «небольшой клин, вставка в одежде». Второе значение родственно слову «штык» (в значении «колющий предмет» или «клинок»), но в бытовой речи так могли называть узкую полоску ткани или деревянный брусок. Прозвище Штынка мог получить человек плотного телосложения (как «ломоть») или, наоборот, худой и угловатый (как «клин»).

Суффикс -ин в фамилии Штынкин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Штынки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Такие фамилии особенно характерны для северных и центральных областей России, а также для Поволжья. Географически фамилия Штынкин (и Штынкина) встречается нечасто, но имеет устойчивое ядро в Воронежской и Курской областях — как раз там, где диалектное слово «штынка» было в ходу.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа «штын-» может быть связана с украинским или белорусским словом «штина» (палка, кол), а суффикс -к- в прозвище указывал бы на уменьшительную форму. Но в этом случае фамилия звучала бы как Штынкин, а не Штынкин, так что первая версия надёжнее.

Сословно носители фамилии Штынкин в XIX веке чаще всего были крестьянами или мещанами. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — её основа слишком бытовая, «низовая», что косвенно подтверждает её происхождение из прозвища, а не из церковного имени. В современной России фамилия редкая: в базе данных телефонных справочников насчитывается не более нескольких сотен её носителей, преимущественно в Черноземье.