Фамилия Шуаева — редкий случай, когда географический акцент помогает расшифровать происхождение быстрее, чем морфология. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования отчества или прозвища, но основа Шуа- почти не встречается в центральных и северных областях России. Зато она плотно привязана к Кавказу, в первую очередь к осетинской и ингушской среде. В осетинском языке существует мужское имя Шуа (в дигорском диалекте — Шуай), которое восходит к арабскому Шуайб — библейский Иофор, тесть пророка Мусы. Через тюркское посредничество это имя попало в горские языки, где потеряло конечный согласный.

Если фамилия осетинская, то модель образования простая: личное имя Шуа + русский патронимический суффикс -ев, который принесли казаки и чиновники при записи в метрики. Изначально Шуаев означало «сын Шуа». В ингушском варианте возможна связь с родовым именем Шуа — так называли один из тейпов, но здесь этимология менее прозрачна: тейповое имя могло произойти от названия местности или от прозвища, данного за какой-то характерный признак.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — славянская. В псковских и тверских говорах «шуать» означало «бродить без дела», «шататься». От этого глагола могло возникнуть прозвище Шуай — «бродяга», «бездельник». Тогда Шуаев — потомок человека с таким прозвищем. Однако эта гипотеза слабая: глагол редкий, а сама фамилия почти не встречается в исторических документах Северо-Запада России. Основной ареал Шуаевых — Северная Осетия и Ингушетия, что уверенно указывает на кавказский корень.

Фамилия недворянская, нестарая: как и большинство горских фамилий, она оформилась в XIX — начале XX века, когда царская администрация фиксировала население. Вариации написания встречаются — Шуаев, Шуайев, Шуа — но в русском паспортном стандарте закрепилась форма через «е».