Фамилия Шубсторский — редкая и структурно прозрачная, но её корень вызывает вопросы. Она образована по продуктивной модели с суффиксом -ск(ий), который в восточнославянских фамилиях указывает на связь с географическим названием (село, город, урочище) или на принадлежность к шляхетскому сословию (польский тип фамилий на -ский/-цкий). Основа — «Шубстор» — не является ни распространённым именем, ни очевидным прозвищем.

Самая вероятная версия — топонимическое происхождение. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта Шубстор (или Шубсторск), который, скорее всего, находился на территории бывшей Речи Посполитой (современные Польша, Беларусь, Украина). Корень «шуб» может быть связан с немецким Schub (толчок, сдвиг) или с польским szuba (шуба), но это лишь сближение по звучанию. Второй элемент «-стор» не имеет однозначной этимологии в славянских языках; возможно, это искажённое «-штор» (от нем. Stor — аист) или часть сложного названия, утратившая смысл.

Менее правдоподобна, но допустима версия искусственного происхождения. В XIX веке в Российской империи семинаристам нередко давали «благозвучные» фамилии от латинских или немецких корней. Шубсторский могло быть переделкой немецкой фамилии Шуберт или Шустер (сапожник) с добавлением польского суффикса -ский для придания «шляхетского» звучания. Однако прямых доказательств этому нет.

В любом случае, носитель фамилии Шубсторский почти наверняка имеет предков из западных регионов — Беларуси, Польши или западной Украины. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что типично для поздних дворянских или мещанских фамилий, возникших от небольших хуторов или местечек. Поиск в метрических книгах Гродненской или Минской губерний может дать точный ответ, откуда именно пошёл этот род.