Фамилия Шубунова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Шубунов. Её ядро — прозвище или нецерковное имя Шубун. Такая форма с суффиксом -ун (-ун) в русских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и указывает на активный признак: обычно так называли человека по его действию или характерному качеству. Суффикс -ун добавлял экспрессии, часто с оттенком склонности к чему-либо — например, «говорун», «драчун», «крикун». В случае Шубуна основа могла быть связана с глаголом «шубунить» — в некоторых говорах так означало «шуметь», «возиться», «суетиться». Тогда Шубун — человек шумный, непоседливый, суетливый.

Есть и другая, более прозаическая версия: от слова «шуба» — верхняя меховая одежда. Шубуном могли прозвать скорняка или торговца шубами, либо человека, который постоянно носил шубу, выделяясь этим. Но эта версия менее вероятна: для обозначения профессии чаще использовали суффиксы -ник или -арь (шубник, шубарь), а -ун — именно деятельный суффикс, а не предметный.

С географической точки зрения фамилия Шубунов (и Шубунова) тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, где активно бытовали прозвищные фамилии на -ун. В этих краях суффикс был особенно живуч, и многие фамилии вроде Говорунов, Плясунов, Шубунов возникли именно там. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских с таким прозвищем, но массовая фиксация фамилии произошла уже после отмены крепостного права, при переписях.

Таким образом, предок носительницы фамилии Шубунова, скорее всего, получил прозвание за живой, беспокойный нрав или за манеру поведения. Фамилия недворянская, крестьянско-мещанская, что подтверждается её словообразовательной моделью и ареалом.