Фамилия Шудабаев — редкая и с прозрачным, но неочевидным корнем. В её основе лежит тюркское мужское имя Шудабай. Разбираем имя по частям: «шуда» и «бай». «Бай» в тюркских языках означает «богатый, господин, хозяин», это распространённый компонент имён и прозвищ, указывающий на достаток или уважение в роду. Первая часть, «шуда», сложнее. Самая вероятная версия — от тюркского слова «шуд» или «шуда», означающего «вода», «река» или «ручей». В казахском и некоторых других языках «шу» — вода, а «шуда» может быть формой, обозначающей «водный», «относящийся к воде». Таким образом, Шудабай — это «водный богач» или «богатый водой». В степных и засушливых регионах, где вода — главный ресурс, такое имя могло быть символическим пожеланием благополучия или прозвищем человека, владевшего водным источником.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от имён на согласный. Шудабаев — сын Шудабая. Фамилия закрепилась в среде тюркоязычных народов, принявших русское фамильное окончание, что типично для XIX века, когда проводилась массовая фиксация фамилий в Российской империи.

Географически фамилия Шудабаев встречается в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахов, живущих в России (Астраханская, Оренбургская области). Встречается и у башкир. Ареал бытования указывает на родство с казахским родоплеменным делением: имя Шудабай могло быть именем предка-основателя одного из родов в составе Младшего или Среднего жуза.

Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Шудаба́ев, по аналогии с большинством фамилий на «-аев» в тюркской среде. Встречается вариант написания с одной буквой «а» в середине — Шудабев, но это редкая описка при паспортизации. Фамилия не имеет отношения к русскому слову «шудный» (чудной, странный), это чисто тюркский антропоним, переосмысленный в русской грамматике.