Фамилия Шугонов образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы с помощью суффикса -ов. Такие фамилии обычно означали «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». В данном случае основа — Шугон. Это либо прозвище, либо производная форма личного имени.

Скорее всего, Шугон — это вариант прозвища Шуга. В русских говорах «шуга» имеет несколько значений. В северных и сибирских диалектах так называли мелкий рыхлый лёд, шугу, которая плывёт по реке во время ледохода. Прозвище могли дать человеку с зябким, «ледяным» характером или, наоборот, тому, кто работал на реке, переправлял грузы во время ледохода. В южных говорах «шуга» означала «гниль», «труха» — прозвище могли дать неопрятному или болезненному человеку.

Другая версия: Шугон — это усечённая или просторечная форма крестильного имени. Например, от имени Шугай, которое в старину было уменьшительным от таких имён, как Шумила (от Шумило) или даже от Иван (через форму Шуван). Суффикс -он в русских прозвищах встречается нечасто, но он придаёт слову уменьшительно-ласкательный оттенок: Шугон — «маленький Шуга» или «сын Шуги».

География фамилии указывает на её северное происхождение. Основная масса носителей фамилии Шугонов исторически проживает в Архангельской области, на Русском Севере. Это косвенно подтверждает версию о диалектном значении «шуга» как «лёд»: в поморском быту, среди рыбаков и мореходов, прозвище было бы уместным.

Таким образом, Шугонов — фамилия, скорее всего, прозвищного происхождения, связанная с северным говором и речным промыслом. Встречается она редко, что делает её ярким маркером определённой региональной традиции именования.