Фамилия Шигонов — одна из тех, где корень на первый взгляд кажется тёмным, но при ближайшем рассмотрении легко проясняется. В её основе лежит прозвище или некалендарное имя Шигон. Такие имена были распространены в русской деревне и часто образовывались от глаголов или описательных характеристик человека.

Самая прямая версия связывает Шигона с диалектным глаголом «шигать» — то есть «шибать, бить, ударять», а в переносном смысле — «быстро бежать, шмыгать». В некоторых говорах «шигоня» — это непоседа, юркий или суетливый человек. Соответственно, Шигоном могли прозвать либо бойкого, подвижного парня, либо, напротив, того, кто отличался резкостью и драчливостью. Модель образования проста: суффикс -ов присоединился к основе Шигон, превратив прозвище в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — то есть «сын Шигона».

Встречается и более редкая, но вполне правдоподобная версия: Шигон может быть народной формой крестильного имени Сидор (от греческого «дар Исиды»). В русских говорах имя Сидор нередко звучало как Сигон, а с заменой начального «с» на «ш» под влиянием аканья или просто народного произношения — Шигон. Такие замены (Сидор — Шидор, Семён — Шемён) фиксируются в исторических документах, особенно на юге и западе России.

Фамилия Шигонов не относится к числу массовых, но её географический след прослеживается. Наибольшая концентрация носителей — в Поволжье, особенно в Чувашии и Татарстане, а также в некоторых областях Центральной России. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде служилых людей или государственных крестьян, переселявшихся в XVI–XVII веках на окраины государства.

В написании фамилии возможна путаница: вариант Шегонов (через «е») встречается реже, но его часто путают с Шигоновым при записи на слух. Однако этимологически правильным считается именно написание через «и», так как оно прямо отсылает к глаголу «шигать» или диалектному «шигоня».