Фамилия Шигонцев — один из тех случаев, где разбор суффикса сразу проясняет социальный фон. Модель на -ев (-ов) указывает на происхождение от отчества или прозвища, но нестандартный суффикс -цев здесь говорит о другом. Шигонцев — это вариант фамилии Шигонцев, где -цев восходит к притяжательному прилагательному с суффиксом -ц-, характерному для южнорусских и украинских говоров. В центральной России чаще образовывали фамилии через -ов/-ев, а вот форма с -цев (как у фамилий Белоусовцев, Кривошеевцев) типична для земель, где в ходу был суффикс -ец, обозначающий принадлежность к группе или местности. То есть Шигонцев буквально значит «сын Шигонца» или «человек из рода Шигонца».

Основа фамилии — прозвище Шигонец. Его корень — «шиг» — в русских говорах имел два значения. Первое: «шигать» означало бить, стегать, хлестать. Человек с таким прозвищем мог быть драчливым, резким или, наоборот, тем, кто подгонял лошадей кнутом — погонщик. Второе значение связано с диалектным «шига» — вор, мошенник, проныра. В словаре Даля «шиган» — это бродяга, плут. Прозвище Шигонец, скорее всего, давали человеку с беспокойным, хитрым или драчливым нравом. Не исключено, что оно образовано от тюркского «шиг» (ровный, прямой) — но для фамилии, бытующей в русской среде, это менее вероятно.

Географически фамилия Шигонцев привязана к югу России и Поволжью. В переписях XIX века носители встречаются в Воронежской, Тамбовской и Саратовской губерниях. Именно там активно работала модель фамилий на -цев, и там же, в черноземных областях, слово «шигать» было в ходу. В отличие от более распространенной фамилии Шигаев (от татарского имени Шигай), Шигонцев — редкий случай, сохранивший старую форму прозвища с уменьшительным или уничижительным суффиксом -ец.

Таким образом, предок современного Шигонцева — человек, которого в своей среде называли Шигонец: возможно, задиристый парень, умелый погонщик или, по версии с негативным оттенком, нечистый на руку. Фамилия не аристократическая, а крестьянская или мещанская, что подтверждается её словообразованием — без дворянских суффиксов -ский или -инов. Её редкость объясняется локальностью прозвища и спецификой диалекта.