Фамилия Шилонцев, вероятно, происходит от прозвища Шилонец. Можно предположить, что оно восходит к гидрониму Шелонь – такое название носит одна из рек, протекающая в Новгородской и Псковской областях. Шелонь стекает с Судомской возвышенности и впадает в озеро Ильмень. Скорее всего, прозвище Шилонец получил выходец из этих мест. Чередование звуков е/и могло произойти под влиянием икающих говоров. На левом берегу Шелони неподалеку от деревни Велебицы Солецкого района Новгородской области 14 июля 1471 состоялась битва между московскими войсками и новгородским ополчением, вошедшая в историю как Шелонская битва. Само название Шелонь (древние формы - Шолонь, Шолона), по мнению А. Попова, восходит к прилагательному «соленая». В пользу этого предположения говорит тот факт, что в устье реки Мшаги (одного из притоков Шелони) в XVI веке бурно развилось солеварение. Однако есть и другая гипотеза о происхождении гидронима Шелонь. Согласно легенде о скифских князьях Словене и Русе, озеро Ильмень названо во имя их сестры Илмеры, а Шелонь – по имени жены Словена. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Шилонец, со временем получил фамилию Шилонцев.