Фамилия Шукалкина — женская форма фамилии Шукалкин, и её разговорный вариант, скорее всего, звучал как Шукалка. Основа здесь — прозвище Шукалка, которое в старину давали человеку с живым, неспокойным характером. Глагол «шукать» в северных и сибирских говорах означает «искать», «разыскивать», «шарить». Соответственно, Шукалкой могли назвать непоседу, вездесущего человека, который постоянно что-то ищет, высматривает или сует нос в чужие дела. Суффикс -к- в прозвище придаёт оттенок действия или свойства, как в словах «кричалка», «игралка».

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с диалектным словом «шукать» в значении «брюзжать», «ворчать». Тогда Шукалка — это ворчун, недовольный человек. Однако первый вариант — с поиском и активностью — встречается в говорах чаще и лучше объясняет экспрессивность прозвища.

Словообразовательная модель типична для русского севера и востока: прозвище на -ка (Шукалка) дало основу для фамилии с патронимическим суффиксом -ин (чей? — Шукалкин). Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в своей округе именно как Шукалка — либо по характеру, либо по привычке везде соваться.

Фамилия редкая, её ареал — преимущественно Волго-Вятский регион и Урал, где говоры сохранили слово «шукать». Встречается также в старых переписях Вятской губернии. В дворянских родословных книгах Шукалкины не значатся — фамилия крестьянская или мещанская, образованная от внутрисемейного прозвища, а не от имени или ремесла.