Фамилия Шукалкин образована от прозвища или нецерковного имени Шукалка. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Шукалкин» означает «сын Шукалки» или «человек из семьи Шукалки». Основа здесь — слово «шукалка», которое в разных говорах имело неожиданные значения.

Самая правдоподобная версия связывает прозвище с глаголом «шукать» — то есть искать, разыскивать, выслеживать. В южнорусских и украинских диалектах «шукать» было обычным словом. Шукалкой могли прозвать человека дотошного, любопытного, следопыта или того, кто постоянно что-то терял и искал. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «шукалка» — так в некоторых областях называли мелкую рыбу (например, щурят) или, по созвучию, птицу-сороку за её крикливый нрав.

Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ с окончанием -а/-я. Это значит, что прозвище Шукалка бытовало в мужской среде, хотя по форме напоминает женское имя — явление для русских прозвищ обычное. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищами на -ка: Шумилка, Болтайка, Шукалка. Фамилия могла закрепиться в южных регионах России, где «шукать» было в ходу, — на Курщине, в Воронежской губернии или на Дону.

Словообразовательная модель проста: основа «шукалк-» плюс притяжательный суффикс «-ин». Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Шукáлкин, хотя в некоторых семьях могли произносить иначе под влиянием местного говора. Однокоренные фамилии — Шукалов, Шукин, Шукаев — встречаются реже, и все они восходят к тому же корню «шук-» со значением поиска или звукоподражания.

В словарях фамилия не зафиксирована как распространённая — это редкая, локальная фамилия. Её носители, вероятно, происходят из одной или нескольких крестьянских семей, где прозвище закрепилось за родоначальником в XVI–XVII веках. Дворянских родов с такой фамилией не известно.