Фамилия Шукалина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Шукалин. В русской ономастике это типичная «патронимическая» модель, образованная с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Шукалин», то есть сын Шукалы. Имя или прозвище Шукала и стало корнем.

Самая вероятная версия происхождения прозвища Шукала — от диалектного слова «шукать», что в ряде русских говоров, особенно южных и западных, означает «искать», «разыскивать», «выслеживать». В таком случае Шукалой могли назвать человека дотошного, любопытного, либо того, кто постоянно что-то искал — пропавшую скотину, вещи, или же промышлял сыском. Это слово хорошо известно в брянских, смоленских, а также украинских и белорусских говорах, что указывает на возможный ареал возникновения фамилии.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает прозвище со словом «щука» (рыба). Переход «щ» в «ш» — явление, характерное для некоторых северных и северо-западных говоров (например, «шшука»). Если это так, то Шукала — человек, напоминавший щуку: возможно, худой, с вытянутым лицом или обладающий хваткой, цепкостью. Однако «шукать» как основа встречается в прозвищах чаще, чем рыбацкие прозвания с искажённой фонетикой.

Фамилия Шукалин — редкая и локальная. Она не входит в списки самых распространённых русских фамилий, что говорит о её узком очаге возникновения. Вероятнее всего, она закрепилась в среде крестьян или однодворцев в регионах, где было распространено слово «шукать» — на границе современных России, Украины и Беларуси.

Интересно, что в некоторых архивных записях XVII–XVIII веков встречается вариант «Шукалов» — с суффиксом -ов, что указывает на колебания в оформлении прозвища при переходе в фамилию. Но форма на -ин победила, возможно, из-за того, что основа Шукала воспринималась как имя на -а, а не как прозвище на согласный.