Фамилия Шукбаев с высокой вероятностью имеет тюркское происхождение. Её основа — личное имя Шукбай, которое распространено у многих тюркских народов, особенно у казахов, башкир и татар. Имя это составное: первая часть «шук» или «шок» восходит к тюркскому слову со значением «сытый, довольный» (иногда — «здоровый, крепкий»), а вторая часть «бай» — традиционный компонент тюркских имён, означающий «богатый, господин, хозяин». Таким образом, Шукбай — это «сытый (довольный) богач» или «крепкий хозяин». Имя давали с пожеланием достатка и благополучия.

Русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих основ) указывает на модель образования фамилии по принципу «чей?» — то есть сын или потомок Шукбая. Такая модель — самая массовая в русской фамильной системе, но в данном случае она наложилась на тюркское имя, что типично для фамилий народов Поволжья, Урала и Казахстана, вошедших в состав Российской империи. Многие из них получили свои фамилии в XIX веке при переписях и введении обязательных фамилий для инородцев.

Стоит отметить, что у фамилии Шукбаев есть и альтернативная версия происхождения — от арабского имени Шукр (благодарность) с тюркским аффиксом принадлежности -бай, но такая этимология менее вероятна: имя Шукбай встречается в документах и родословных чаще, чем Шукрбай. Кроме того, в некоторых тюркских диалектах «шук» может означать «тихий, смирный», что даёт прозвищный вариант «смирный богач», но это уже частная интерпретация.

Географически фамилия Шукбаев наиболее характерна для Оренбургской области, Башкортостана, Татарстана и западного Казахстана. Встречается она и среди сибирских татар. Социальный состав носителей изначально был смешанным: от зажиточных скотоводов до военных казаков (в Оренбургском казачьем войске служило немало башкир и татар). Сословная принадлежность у этой фамилии не застыла — её носители могли быть как крестьянами, так и мещанами или купцами, в зависимости от региона и эпохи.