Фамилия Шукшанова, скорее всего, образована от прозвища или названия жителя по месту прежнего обитания. В её основе лежит топоним Шукша — так называется река в Пермском крае, а также несколько небольших рек и деревень в Вологодской и Архангельской областях. Наиболее вероятная версия: предок носителя фамилии был выходцем с берегов одной из этих рек, и его в документах записали как «Шукшан» — житель с Шукши. Суффикс -ан- в таких прозвищах (как «пермяк» → Пермяков, «туляк» → Туляков) указывал на принадлежность к местности, а окончание -ова закрепило фамилию в женском роде от мужской формы Шукшанов.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с неканоническим древнерусским именем Шукша. В ономастике известны случаи, когда прозвища образовывались от глагола «шукать» (искать) или диалектного «шукша» — так в некоторых говорах называли сплетника или суетливого человека. Однако географическая привязка выглядит убедительнее: фамилия Шукшановы встречается преимущественно в Пермском крае и Кировской области, что совпадает с ареалом рек с таким названием.

Словообразовательная модель проста: основа Шукш- + суффикс принадлежности -ан- (вариант -ян- в других фамилиях) + патронимический суффикс -ов. Фамилия недвусмысленно указывает на первого носителя — мужчину по прозвищу Шукшан. В крестьянской среде такие прозвания часто заменяли фамилии вплоть до конца XIX века, поэтому предки Шукшановых могли быть государственными или помещичьими крестьянами, чьё происхождение закрепилось в названии деревни или реки.

В отличие от фамилий на -ский, которые обычно носили дворяне или духовенство, фамилия Шукшанова с суффиксом -ов типична для простонародья. Её редкость (по данным современных телефонных справочников, носителей не более нескольких сотен) говорит о том, что фамилия не вышла за пределы своего исходного региона и не подверглась массовому распространению через переселения.