Фамилия Шукшанов образована от прозвища или нецерковного имени Шукшан. В основе лежит слово «шукша» — так в ряде русских говоров, особенно на севере и в Сибири, называли щуку. Слово это финно-угорского происхождения: в коми, удмуртском и марийском языках «шукша» или близкие формы означают ту же рыбу. Прозвище Шукша могли дать рыбаку, торговцу рыбой или человеку с чем-то щучьим во внешности или характере — например, узкоглазому или хищному.

Суффикс -ан- в основе Шукшан характерен для северорусской ономастики. Он придаёт прозвищу оттенок пренебрежения или, наоборот, принадлежности: Шукшан — «относящийся к щуке», «щучий», а в переносном смысле «ловкий, как щука». Фамильный суффикс -ов стандартно указывает на патроним: Шукшанов буквально значит «сын Шукшана». Такая модель типична для крестьянских фамилий центра и севера России, которые закрепились в XVIII–XIX веках.

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно. Наибольшая концентрация носителей — в Пермском крае, Удмуртии и Кировской области. Это совпадает с ареалом коми-пермяцкого и удмуртского влияния, где слово «шукша» бытовало в быту. Возможно, предки Шукшановых были русскими или обрусевшими финно-уграми, получившими прозвище от соседей.

Другие версии происхождения менее убедительны. Иногда основу связывают с тюркским «шукшан» (якобы «крикун»), но тюркские корни в этой фамилии не подкреплены ни географией, ни типичными суффиксами. Также не стоит путать фамилию с санскритским термином «шукшан» (сухой) — это случайное созвучие без исторической связи.

Однокоренные фамилии — Шукшин, Шукшинов, Шукша. Самая известная среди них — Шукшин, но Василий Макарович Шукшин происходит из алтайской ветви, и его фамилия, скорее всего, того же рыбного корня. Шукшанов же остаётся фамилией без громких носителей — сугубо семейной, привязанной к северным говорам и ремёслам.