Фамилия Шукшаева — это прежде всего женская форма, а её мужской вариант — Шукшаев. Она образована от личного имени или прозвища Шукшай. Основа здесь — слово «шукша», которое в русских говорах, особенно северных и приуральских, имеет несколько значений. Самое распространённое — «шелуха», «скорлупа», «очистки», но также в архангельских и вологодских говорах «шукша» — это «сойка» (птица), а в некоторых местах так называли «плохую, бестолковую женщину» или «неряху». Маловероятно, что фамилия произошла от финно-угорского этнонима «шукша» (самоназвание одной из групп вепсов) — эта версия красивая, но для русской фамилии, зафиксированной в центральных регионах, слишком экзотична.

Суффикс -ай в прозвище Шукшай — характерный для севернорусского и сибирского наречий способ образования имён (сравните: Гуляй, Молчай, Кисляй). Такие прозвища давали по поведению или внешнему признаку. Если отталкиваться от «шукши» как «сойки», то Шукшай мог получить прозвище за крикливость, яркую одежду или суетливость. Если же от «шелухи» — то за неопрятность, склонность к пустякам или, напротив, за хозяйственность (сбор шелухи). В ономастике нет единого мнения, какое из значений стало основным, но бытовое прозвище по характеру или занятию кажется правдоподобнее, чем птичье.

Фамилия Шукшаев — нечастая, но не уникальная. Встречается в Поволжье (особенно в Нижегородской и Кировской областях) и на Урале. По данным переписей, в XIX веке носители фамилии были преимущественно государственными крестьянами — то есть не крепостными, а лично свободными земледельцами. Учитывая ареал распространения, предки Шукшаевых, скорее всего, жили в зоне смешения русского и финно-угорского населения, что могло повлиять и на звучание фамилии, и на её корни.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на последний слог — Шукшаева. Встречается и вариант Шукшаева с ударением на второй слог, но он менее характерен для исторического произношения.