Фамилия Шукстуль — редкая, и её происхождение, скорее всего, связано с языками финно-угорской группы. Основа «шукст» или «шукс» встречается в диалектах карельского, вепсского и финского языков. Например, в карельском «šukšu» или «šukstu» может обозначать что-то вроде «сучок», «зазубрина», «заноза» или даже «щетка» (для чистки лошади). Суффикс «-уль» в русском языке не характерен для исконных фамилий, зато типичен для заимствованных из прибалтийско-финских языков прозвищ, которые затем адаптировались в русской среде. В этом случае фамилия могла закрепиться в виде, близком к исходному прозвищу, без добавления стандартных русских суффиксов -ов или -ин.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — немецкое происхождение. В немецком языке есть слово «Schuckstuhl» (от «Schuck» — украшение и «Stuhl» — стул), которое могло бы означать мастера, делавшего резные или украшенные стулья. Однако написание «Шукстуль» скорее указывает на фонетическое освоение именно финно-угорского слова, так как в немецком варианте ожидалось бы окончание на «-уль» только при сильной редукции.

Есть и третий, более прозаичный путь: фамилия могла возникнуть от прозвища, данного человеку с шершавой, «сучковатой» кожей или с неуживчивым, колючим характером. В крестьянской среде северо-запада России (территории современной Карелии, Вологодской, Архангельской областей) такие прозвища, основанные на бытовых или природных образах, были распространены. Носитель фамилии Шукстуль, скорее всего, был выходцем из этого региона, где смешение русского и финно-угорского населения было исторической нормой. Фамилия не получила широкого распространения и осталась редкой, что говорит о её локальном, возможно, даже односельском происхождении.