Фамилия Шулейкина — женская форма мужской фамилии Шулейкин. В основе лежит прозвище Шулейка, и здесь есть сразу две версии происхождения, причем обе имеют под собой реальную почву.

Первая и самая прямая отсылает к диалектному слову «шулейка». В северных и сибирских говорах так называли небольшую лодку-долбленку, выдолбленную из цельного ствола дерева. Человек, который делал такие лодки или постоянно ходил на промысел на шулейке, мог получить прозвище Шулейка. Фамилия тогда указывает на занятие предка — лодочника, рыбака или охотника на воде.

Вторая версия ведет к слову «шула» или «шулейка» в значении «левша». В некоторых областях левшу называли шульгой, а уменьшительная форма «шулейка» закреплялась за человеком, который всё делал левой рукой. В крестьянской среде леворукость была заметной особенностью, и такое прозвище давали метко и на всю жизнь. Обе версии не противоречат друг другу: слово «шулейка» многозначно, и в разных регионах прозвище могли дать по разным причинам.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шулейкин буквально означает «сын Шулейки» или «человек из семьи Шулейки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имен, оканчивающихся на -а/-я.

Фамилия не относится к аристократическим, её носителями были, скорее всего, крестьяне или посадские люди из северных и центральных губерний России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: прозвище могло бытовать в одном-двух уездах и оттуда распространиться с переселенцами. В современном написании фамилия сохраняет старую орфографию без изменений — «Шулейкина» пишется через «е», а не через «ё», что тоже указывает на её диалектную основу.