Фамилия Шлейкин образована от прозвища или нецерковного имени Шлейка. Основа «шлей-» в русских говорах имела несколько значений. Самое прямое — «шлей», то есть след, волочащаяся часть одежды, или, в переносном смысле, нечто тянущееся позади. Однако прозвище Шлейка могли дать человеку не за медлительность или неряшливость, а за характерную походку или манеру носить одежду. В некоторых диалектах «шлейкой» называли длинный кнут или плеть, так что предок мог быть возницей или пастухом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Шлейкин буквально означает «сын Шлейки» или «человек из семьи Шлейки». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от основ на -а/-я. Это отличает Шлейкина от, скажем, фамилии Шлейков, которая могла бы появиться в южнорусских регионах.

Встречается и менее вероятная, но возможная версия: связь с немецкой фамилией Schleicher или Schleier, которую при переселении могли переделать на русский лад. Однако для этого нет убедительных документальных подтверждений, и большинство носителей фамилии Шлейкин — русского происхождения, что подтверждается географией: фамилия устойчиво встречается в Тверской, Псковской и Новгородской областях, где издревле бытовало слово «шлей» в значении «след» или «полоса».

Интересная деталь: в старых писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются прозвища Шлейка и Шлейко, но не как фамилии, а как личные имена крестьян и посадских людей. Это значит, что фамилия Шлейкин — одна из тех, что возникла ещё в допетровскую эпоху, когда прозвище закреплялось за родом без участия церкви или государства.