Фамилия Шунайлов образована от прозвища Шунайло. По одной из версий, оно ведет свое начало от глагола «шунять» со значением «наставлять, поучать советами». Исходя из этого, можно предположить, что Шунайлом прозвали мудрого, обладающего богатым жизненным опытом человека, к которому односельчане часто обращались за советом. Согласно другой гипотезе, прозвище Шунайло имеет схожую этимологию со словом «шуня», которое в олонецких говорах имело значение «пристройка к жилому дому рядом с дверью». В таком случае Шунайлом могли прозвать строителя или того, кто жил в подобной пристройке. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шунайло, со временем получил фамилию Шунайлов. Так, в Книге памяти Псковской области упоминается Андрей Осипович Шунайлов, родившийся в 1889 году в Челябинской области, а также священнослужитель Андрей Осипович Шунайлов 1889 года рождения.