Фамилия Шунгеев — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа, «Шунге», не имеет прямых параллелей в славянской лексике, что заставляет искать корни в тюркских, финно-угорских или кавказских языках. Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на русское оформление фамилии по отчеству («чей?» — сын Шунгея), но само исходное имя или прозвище явно пришло из другой языковой среды.

Наиболее правдоподобная версия связывает «Шунге» с тюркскими языками. В них корень «шун» или «шунг» может означать «слава», «известность» или быть частью сложного имени. Например, в казахском и башкирском именослове встречается имя Шунгар (сокол), и фамилия Шунгеев могла возникнуть как его вариант через диалектное произношение. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит прозвище от слова «шунг» — так в некоторых тюркских говорах называли вспыльчивого, горячего человека.

Вторая версия — финно-угорская. В языках народов Поволжья (марийском, удмуртском) есть слова «шун» (сердце, душа) и «шунго» (глухой, тихий). Если прозвище Шунга дали спокойному, молчаливому человеку, то фамилия Шунгеев могла закрепиться за его потомками. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ев типичен для русификации тюркских, а не финно-угорских фамилий, где чаще встречаются окончания на -ов.

Географически фамилия Шунгеев почти не встречается в центральной России. Основные очаги — Оренбургская область, Башкортостан, Татарстан, а также отдельные записи в Забайкалье и у сибирских татар. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, служилыми татарами или башкирами, перешедшими в русское подданство в XVI–XVII веках. В документах того времени фамилия могла писаться иначе — Шунгаев или Шунгейев, что подтверждает её устное, а не книжное происхождение.

Сословная принадлежность Шунгеевых неоднородна. В Оренбургской губернии носители фамилии записаны как государственные крестьяне и казаки, в Башкортостане — как тептяри (сословие, близкое к башкирам, но платившее оброк). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.