Фамилия Шупегина — женская форма фамилии Шупегин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шупега. Слово «шупега» в русских говорах имеет несколько значений, и чтобы понять, какое из них стало источником фамилии, нужно смотреть на регион её бытования.

Основной ареал фамилии Шупегин — северные и центральные области России, особенно Вологодская и Архангельская губернии. В тамошних говорах «шупега» означала «мешок, куль, мошна» или «скупой, прижимистый человек». Первое значение — бытовое прозвище по предмету одежды или хозяйственной утвари: так могли назвать того, кто носил с собой большой мешок, либо торговца, разносившего товар в куле. Второе значение — насмешливое прозвище скряги, которое закреплялось за человеком за его скупость.

По словообразовательной модели фамилия типична для русского севера: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Шупегин), то есть «сын Шупеги». Сама основа Шупег- имеет характерный для северных прозвищ суффикс -ег-/-уг- (сравните: Верещага, Балабан — прозвища с той же суффиксальной моделью). Этот суффикс придавал слову оттенок пренебрежительности или просто указывал на активное действие.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «шупеть» (шептать, говорить тихо). В этом случае Шупегой называли человека с тихим голосом или шептуна. Однако эта гипотеза слабее: в говорах, где зафиксирована фамилия, значение «мешок» или «скупой» встречается чаще и даёт более естественное прозвище для крестьянской среды.

Сословно фамилия Шупегины — крестьянская или посадская. В писцовых книгах XVII века встречаются крестьяне Шупегины в Устюжском уезде, что подтверждает её северное происхождение. Дворянских родов с такой фамилией не известно, поэтому искать в ней «благородные» корни не стоит. Это фамилия человека, которого в деревне прозвали за характер, привычку или внешний вид — Шупегой.