Фамилия Шупелис звучит не по-русски, и это верное наблюдение. Её выдает суффикс -ис, который в русской среде почти не встречается. Перед нами типичная фамилия латышского или, шире, балтийского происхождения, где окончание -is (-elis) — один из самых распространенных способов образования фамилий, особенно в восточной Латвии (Латгалии) и среди староверов, живших на этих территориях. В русском языке конечное -is часто переоформлялось в -ис, но суть оставалась той же.

Основа фамилии — Шупел- — предположительно восходит к латышскому слову šupelis. В латышском языке это слово имеет несколько значений, но самое вероятное для прозвища — «качели» или «колыбель». Человек по прозвищу Шупелис мог быть тем, кто делал колыбели или качели, то есть столяром-краснодеревщиком, либо получить прозвище за манеру раскачиваться при ходьбе или сидеть, покачиваясь. В балтийских языках прозвища по действию или предмету быта — обычное дело, поэтому версия с ремеслом выглядит самой убедительной.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом šupēt — «качать, укачивать». В таком случае прозвище могли дать няньке или человеку, который постоянно кого-то убаюкивал. Однако в качестве фамилии такое прозвище встречается реже, чем прозвище по профессии.

Поскольку фамилия балтийская, её носители — скорее всего, потомки латышских крестьян или ремесленников, которые получили фамилии в XIX веке, когда в Прибалтике прошла массовая паспортизация. Дворянских корней у Шупелисов, скорее всего, нет: окончание -is в Латвии характерно именно для крестьянских и мещанских фамилий, в отличие от немецких окончаний на -с (-s) у остзейского дворянства.

В русском языке фамилия не склоняется, если её носитель — мужчина (Шупелис пришёл), и склоняется, если женщина (у Шупелис нет, вижу Шупелис). В латышском же она склоняется по мужскому роду, что нередко путает русскоязычных при заполнении документов.

Таким образом, Шупелис — это редкая для России, но распространённая в Латвии фамилия, образованная от прозвища мастера по изготовлению колыбелей или качелей. Никакой сложной дворянской истории или знаменитых однофамильцев за ней не числится — это честное ремесленное прозвище, закрепившееся в паспортах в XIX веке.