Фамилия Шупков — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая вероятная версия связывает её с диалектным словом «шупак» или «шупка». В южнорусских и украинских говорах так называли щупальце, усик (например, у рака или насекомого), а также, в переносном смысле, — человека с длинными, цепкими руками или того, кто постоянно всё трогает, «щупает». Прозвище Шупко могли дать непоседливому, любопытному ребёнку или мастеровому, работа которого требовала тонкого осязания. Суффикс -ов указывает на стандартную модель образования русских фамилий: Шупко → Шупков, то есть «сын или потомок Шупка».

Менее распространённая, но возможная версия — связь с глаголом «шупать» (щупать). В этом случае основа та же, но акцент смещается на действие: предок мог быть сборщиком податей, досмотрщиком или просто человеком с привычкой всё проверять руками. В пользу этой гипотезы говорит то, что в некоторых говорах форма «шупать» считалась нормативной, а не ошибочной.

Географически фамилия Шупков тяготеет к югу России: её фиксируют в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на востоке Украины. Это объясняет диалектную основу: именно в этих регионах слово «шупак» было в ходу. В северных и центральных областях России фамилия встречается редко, что делает её хорошим маркером «южного» происхождения рода.

Словообразовательная модель проста: корень «шуп-», суффикс «-к-» (уменьшительный или прозвищный) и родовой суффикс «-ов». Интересно, что в некоторых старых документах встречается вариант Шупаков — с тем же корнем, но с другим оформлением. Шупков, скорее всего, сокращённая форма от Шупаков, где «а» выпало при произношении. Таким образом, фамилия — не про благородное происхождение, а про живую народную речь: прозвище по характерной черте внешности или поведения, закрепившееся в одном из южнорусских диалектов.