Фамилия Шупко — редкий пример, где основа, скорее всего, не русская, а украинская или белорусская. Суффикс -ко — типичный для восточнославянских фамилий, особенно распространённых на территории современной Украины и юго-запада России. Он указывает на то, что перед нами не просто прозвище, а его производная форма, часто с уменьшительным или фамильярным оттенком.

Корень «шуп-» вызывает споры. Самая вероятная версия — от украинского или белорусского глагола «шупати» (щупать, ощупывать, исследовать на ощупь). В таком случае Шупко — прозвище человека, который имел привычку всё трогать, проверять руками, или же занимался ремеслом, требующим тонкого осязания (например, портной, оценивающий ткань, или лекарь, ощупывающий больного). В диалектах встречается и слово «шупкий» — непрочный, хрупкий, но это значение для прозвища менее характерно.

Менее распространённая, но не лишённая логики версия — связь с польским «szupka» (шапка, колпак) или с диалектным «шуп» (род короба, лукошка). В этом случае прозвище дали бы либо по характерному головному убору, либо по профессии, связанной с плетением или продажей коробов. Однако слово «шуп» в этом значении узко регионально, и версия с «щупать» выглядит убедительнее.

Географически фамилия Шупко встречается в основном на западе Украины (Волынь, Галиция), в Беларуси и в приграничных областях России (Брянская, Смоленская). В центральной России и Сибири она редка, что подтверждает её западнорусское или украинское происхождение.

По социальному составу Шупко — фамилия крестьянская и мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищ, образованных от бытовых действий или черт характера. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии чаще всего числились казаками или государственными крестьянами.

В написании фамилии возможна путаница: в старых метрических книгах нередко писали «Шубко» (от слова «шуба») или «Шупка». Однако именно форма Шупко с глухим «п» устойчиво сохраняется в украинской ономастике, в то время как «Шубко» — отдельная, хоть и похожая, фамилия.