Фамилия Шупова — женская форма мужской фамилии Шупов. В русской традиции такие фамилии образовывались через суффикс -ов/-ев, который указывал на принадлежность: Шупов буквально значит «сын Шупа» или «из семьи Шупа». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Шуп.

Что могло значить слово «шуп»? Самая прямая и правдоподобная версия связана с диалектным глаголом «шупать» — то есть щупать, ощупывать. В говорах южных и западных областей России «шуп» — это щуп, инструмент для проверки сыпучих тел (зерна, муки) или для зондирования почвы. Прозвище Шуп могли дать либо человеку, который работал с таким инструментом — мельнику, амбарному сторожу, землемеру, — либо, в переносном смысле, тому, кто постоянно «прощупывает» обстановку, любопытному или осторожному. Интересно, что в некоторых диалектах «шуп» означало и «толчок», «пинок» — тогда прозвище могло относиться к драчуну или задире.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с украинским или белорусским «шуп» (сор, мусор, мелкая труха). В этом случае прозвище могло быть ироничным и относиться к неопрятному человеку. Однако эта версия слабее, так как фамилия Шупов/Шупова фиксируется в основном в центральных и южнорусских регионах, где «щуп» и «шупать» — более привычные слова.

Географически фамилия Шупова не является редкой, но и не массовая. Встречается в Воронежской, Ростовской, Волгоградской областях — то есть в зоне распространения южнорусского говора, где «шупать» — обычное слово. Встречаются варианты написания через «щ» — Щупова, но это уже другая линия, хотя корень тот же.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьян и посадских людей, а не дворянства. Шуповы и Шуповы — это, скорее всего, потомки одного человека по прозвищу Шуп, жившего в XVI–XVII веках. Фамилия не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням — это чисто славянская модель от живого диалектного слова.