Основой фамилии Шупов послужило мирское имя Шуп. По одной из версий, фамилия Шупов образована от мирского имени Шуп, которое восходит к диалектному слову «шуп». Так в тверских говорах называли первый осенний лед, который сплошь несется по реке, с обмерзлыми комьями снега, незадолго до рекостава; мелкий лед, кашу после весеннего ледолома. Вероятно, имя Шуп получил ребенок, родившийся в это время. Также не исключено, что в основе этой фамилии лежит прозвище Шуп, которое образовано от украинского глагола «шупить», то есть «знать, ведать, понимать». Возможно, так прозвали умного, грамотного человека. Однако не исключено, что Шупом прозвали знахаря. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шуп, со временем получил фамилию Шупов.