Фамилию Шупиченко чаще всего выводят из прозвища Шупика или Шупа. В основе лежит глагол «шупать» — так в южных и западных говорах говорили «щупать» (ощупывать, проверять руками). Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо слишком любопытным, либо, наоборот, заниматься делом, где требовалось проверять товар на ощупь — скажем, оценивать качество зерна или тканей.

Суффикс -енко (с ударением, как правило, на предпоследний слог — Шупиче́нко) — типичный украинский патронимический формант. Он означает «сын» или «потомок». То есть Шупиченко — буквально «сын Шупики». Такая модель образования фамилий была особенно распространена в левобережной Украине, на Полтавщине и Черниговщине, а также в южных регионах, куда переселялись казаки.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «шупак» (щука). В некоторых славянских говорах так называли не только рыбу, но и пронырливого, хваткого человека. Однако у фамилии Шупиченко нет суффикса, который бы прямо указывал на «рыбное» происхождение (как, например, Щукин или Щупак). Поэтому версия с глаголом «шупать» выглядит убедительнее.

Интересно, что фамилия Шупиченко почти не встречается в центральных и северных областях России — её ареал плотно привязан к Украине и приграничным русским регионам (Курская, Белгородская, Воронежская области). Это говорит о том, что предки носителей фамилии были выходцами из украинских земель, вероятно, из казацкой или крестьянской среды, а не из дворянских кругов. В реестрах запорожских казаков встречаются похожие прозвища, но сама фамилия Шупиченко — скорее поздняя, сформировавшаяся уже после отмены крепостного права в XIX веке, когда фамилии активно закреплялись за бывшими крестьянами.