Фамилия Шубко звучит по-украински или по-белорусски, и это первая зацепка. Её выдает суффикс -ко, который в восточнославянских фамилиях выполняет роль уменьшительного или патронимического показателя. В украинской и белорусской традиции такие фамилии часто означали «сын такого-то» или «маленький, молодой» по отношению к основе. В данном случае основа — «Шуб» — отсылает к слову «шуба».

Вероятнее всего, фамилию дали не просто так, а по роду занятий. Шубко — это либо «сын шубника» (скорняка, мастера по шитью шуб), либо прозвище человека, который носил характерную шубу или торговал мехом. В старину прозвища по одежде были распространены: Шуба, Шубник, Шубкин. Шубко — уменьшительная форма от такого прозвища, то есть «маленький Шуба» или «сын Шубы».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «шубить» (шуметь, ворчать) или с польским «szuba» (шуба, но также «глупец» в переносном смысле). Однако в русском и украинском контексте первая версия (ремесленная или прозвищная) выглядит убедительнее.

Географически фамилия Шубко чаще всего встречается в западных областях Украины (Львовская, Тернопольская, Волынская) и в Беларуси. В России она редкая, и если встречается, то почти наверняка у потомков переселенцев с запада. Интересно, что ударение в фамилии может падать как на первый, так и на второй слог — в украинском языке часто на «о» (Шубко́), в русском — на «у» (Шу́бко).

В сословном отношении предки Шубко, скорее всего, были мещанами или казаками, а не дворянами: фамилии на -ко в массе своей народные, не аристократические. Дворянские роды с такой фамилией не известны, хотя отдельные носители могли получить личное дворянство по выслуге.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Шубин, Шубников, Шубенко, — то Шубко стоит ближе к украинской модели (как Бондарь — Бондаренко, но с суффиксом -ко, а не -енко). Это указывает на более ранний слой фамилий, возможно, XVI–XVII веков, когда такие формы только закреплялись.