Оно берет начало от германского глагола schuope со значением «отмерять рыбу». Так могли назвать торговца рыбой. Возможно также, что фамилия Шуппер является вариантом датской фамилии Шупп. Она происходит от прозвища Шупп, которое восходит к датскому нарицательному schope (scheup) – «совок». Именование Шупп могло принадлежать тому, кто занимался изготовлением совков, или тому, кто использовал их при работе. Так, наличие в фамилии Шуппер германской основы и форманта -ер указывает на то, что она имеет ашкеназские корни.